Vědecky je Pernes bezpochyby kapacita, vědecká a morální poctivost však nejsou to stejné. Lze napsat několik prací, aniž by člověk řekl jediné stanovisko. Takový zřejmě Pernes byl a navíc spousta jeho prací zřejmě ani nebyla plně jeho dílem, ale falzifikátem.


   Ústav úro studium totality však potřebuje morálně zdatnou osobu, která je ochotná dělat normativní rozhodnutí, a nikoliv jen slepě vést nebo ještě hůře následovat. Předchozí ředitel Pavel Žáček podobná rozhodnutí byl ochoten dělat a ačkoliv kolem sebe vyvolával spoustu kontroverzí, byl a byl by lepším ředitelem než jeho nástupce.


   Pernes totiž podobné zakotvení a myšlenkové směřování postrádá. Ukázalo se, že v minulosti několikrát morálně selhal a dopustil se i vědeckých přešlapů. Taková osoba pak může působit, po patřičném očištění, dále na vědecké bázi, ale rozhodně nemůže řídit normativně směřovanou instituci jako Ústav pro studium totalitních režimů. Ústav by proto měl vybrat novou a morálně pevnější osobu.